Wyniki i obserwacje z wykorzystania analitycznego MDM powinny posłużyć jako podstawa do wdrożenia operacyjnego MDM. W operacyjnym wydaniu, MDM pełni już znaczniej bardziej aktywną rolę. Poza samą obserwacją i analizą jakości danych, jest głównym systemem, w którym realizowane są procesy zarządzania danymi podstawowymi. W Master Data Management określane są m.in. hierarchie, atrybuty, parametry źródłowe, itp. konieczne do zapewnienie spójności i wysokiej jakości danych. System umożliwi też łączenie wykorzystywanych we wszystkich systemach danych ze źródłami ich powstawania.

Ważne dla operacyjnego podejścia do MDM jest określenie i realizacja procesów zarządzania danymi podstawowymi. Powinny one bazować na wynikach zebranych przez komórkę MDM. Analogicznie od pierwszego kroku kluczowe jest, aby zaangażować właściwych użytkowników biznesowych. Za jednoznaczną i właściwą interpretację danych musi odpowiadać związany z nimi biznesowy właściciel obszaru danych.

Pełny zestaw referencyjnych danych podstawowych musi być następnie udostępniany innym systemom i użytkownikom (subskrybentom MDM). Operacyjny MDM jest centralnym źródłem wszystkich słowników danych  (choć zależenie od przyjętego stylu implementacji nie musi być miejscem ich powstawania) i ich właściwej interpretacji biznesowej.

Oczekiwanym efektem rozwoju operacyjnego MDM powinien być wzrost jakości danych, automatyzacja procesów zarządzania danymi podstawowymi i tym samym stopniowy zanik znaczenia analitycznego MDM. Docelowo, wdrożenie MDM powinno wygenerować zmiany w organizacji, które wyodrębnią jednostki biznesowe odpowiedzialne za jakość danych podstawowych.